Les activités de l'unité Mycoplasmologie-Bactériologie-Antibiorésistance couvrent les mycoplasmoses porcines et aviaires et certaines infections bactériennes du porc, des volailles, ou des poissons d’élevage, telles que les infections à Streptococcus suis, Actinobacillus pleuropneumoniae, Pasteurella multocida, Escherichia coli… L’unité étudie également l'épidémiologie et les mécanismes de la résistance aux antibiotiques des bactéries pathogènes, commensales ou zoonotiques du porc, des volailles et des poissons d’élevage et de leur environnement.

Activités de référence

L'unité est laboratoire national de référence pour les mycoplasmoses aviaires.

Elle fait partie également du laboratoire national de référence sur l’antibiorésistance.

Activités de surveillance

L’unité MBA participe à la surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes des volailles, du porc et des poissons d’élevage, dans le cadre du réseau Résapath, en collaboration avec le laboratoire Anses de Lyon.

Elle est également en charge de la surveillance annuelle de l’antibiorésistance de Campylobacter chez les animaux de rente. Ce plan de surveillance est mis en œuvre en application des décisions d’exécution 2013/652/UE puis, qui précisent les modalités d’harmonisation de la surveillance au niveau européen. La collecte des échantillons est programmée de manière à assurer un échantillonnage non ciblé aléatoire, représentatif de la production française. À partir de 2021, l’échantillonnage concerne les porcs et les veaux (années impaires) et les poulets et les dindes déjà suivis auparavant (années paires).

Pour chaque lot prélevé à l’abattoir par les services vétérinaires, les souches de Campylobacter isolées par les laboratoires agréés sont transmises à l’unité MBA, en charge de la détermination de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées selon une méthode de micro-dilution en milieu liquide basée sur la norme CLSI Vet01-A4 (CLSI, 2013). Les antibiotiques inclus et les gammes de concentrations testées sont précisés par la décision d’exécution 2020/1729/UE. Les résultats sont publiés dans les journaux de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) et du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et de la Direction générale de l’alimentation (DGAL).

Activités de recherche

Les activités de recherche de l’unité se déclinent en deux axes :               

• les pathologies bactériennes du porc et des volailles : études sur l’épidémiologie des infections, les méthodes de détection, la caractérisation des souches, les modalités de transmission des infections, la pathogénie des infections et des co-infections, ainsi que les méthodes de contrôle sanitaire ou médical. Les principales bactéries étudiées sont les mycoplasmes aviaires et porcins, ainsi que Streptococcus suis et E. coli ;
• la résistance aux antibiotiques des bactéries du porc, des volailles, des poissons d’élevage et de leurs environnements : au travers d’enquêtes de prévalence, de développement de méthodologies de la détermination phénotypique de la sensibilité des souches, d’études sur la détection des mécanismes de résistance, de l’impact des pratiques agricoles ou vétérinaires sur la sélection, la transmission, la diffusion ou la persistance de la résistance chez l’animal et dans l’environnement, ainsi que sur les alternatives aux antibiotiques.

Principaux projets de recherche en cours

L’unité participe à plusieurs projets portant sur la caractérisation des souches pathogènes et les moyens de contrôle des infections, sur l’antibiorésistance de souches de bactéries pathogènes (Enterococcus cecorum, S. suis, différentes espèces de mycoplasmes aviaires et porcins) ou de bactéries d’origine aquatique (Aeromonas, Vibrio…) ou sur les résistances vis-à-vis d’antibiotiques critiques, que sont les céphalosporines de dernières générations, les fluoroquinolones ou la colistine. Certains projets s’intéressent également à l’impact ou à l’intérêt d’alternatives aux antibiotiques (probiotiques, vaccination…) chez la volaille, le porc ou les poissons et les crevettes.

Exovirulome (2021-2024)

Le sécrétome des mycoplasmes animaux : comparaison inter-espèces, rôle dans le pouvoir pathogène et application au diagnostic.

Partenaire : Anses (unité Mycoplasmoses animales, laboratoire de Lyon)

Evasion (2020-2022)

Évaluation de l’impact de l’utilisation d’un autovaccin contre Streptococcus suis sur le statut immunologique et le portage amygdalien des truies et de leur descendance

Partenaires : Anses (unité EPISABE et service SPPAE du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort), Inrae, Oniris, professionnels de la filière porcine, laboratoires de la pharmacie vétérinaire.

CAVIAR/CARAPACE (2019-2022)

Enterococcus cecorum : analyse de la virulence et de l’antibiorésistance

Partenaires : Anses (Service d’élevage et d'expérimentation avicole et cunicole), Inrae

AquaResist (2018-2022)

Rôle des éléments intégratifs conjugatifs de la famille SXT dans la dissémination des gènes d’antibiorésistance en pisciculture

Partenaires : Anses (unité VIMEP), CNRS, université de Lorraine

SARM2 (2020-2021)

Étude de prévalence du portage de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) chez les porcs d’élevage

Partenaire : Anses (unité EPISABE)